1939年2月27日，于会辰由日本宪兵亲自送回家中，并责令家属不准私自请医生治病，就医必须通过宪兵队到指定医院。敌人走后，于会辰将自己加入党组织，参加反满抗日活动前后都讲给了父亲。并对父亲说；“他们虽然把我打成这样，我什么都没承认，我对得起组织……”为了保护党组织，于会辰让父亲，连夜将他的来往书信和一些进步书刊进行了焚烧处理。
于会辰因惨遭酷刑，加之注射毒针，7天后出现大咳血，五脏内出现溃烂，伤痛恶化。3月6日，家属找日本宪兵队要求治病，宪兵队派来1辆汽车，将于会辰拉到哈尔滨市立医院(现市医院住院部)，在走廊候诊时，日本宪兵带来了一名护士，在于会辰胸前打了一针，没过10分钟，于会辰被残害致死，时年29岁。
于会辰在哈尔滨工业大学的毕业证
1948年，东北解放后，筹建东北烈士纪念馆，收集烈士名单及遗物材料时，由时任松江省主席冯仲云提议，于会辰是中共地下党员，参过加反满抗日活动。认为可以列入东北抗日烈士名单。由时任烈士馆资料部负责人，关沫南亲自派人到于会辰家收集烈士遗物和个人资料存入馆中。
1949年秋，东北烈士纪念馆正式开馆，于会辰烈士抗日事迹正式展出，他的档案编号是东北抗日烈士四号。
1982年5月6日，于会辰烈士的骨灰由长子于德盛迁入哈尔滨烈士陵园。
